Das Kloster entstand Ende des 13. Jahrhunderts und nach Auflösung des Dominikanerklosters Mitte des 16. Jahrhunderts wurde das Gebäude als städtisches Magazinhaus genutzt. Das Gelände des Klosterhofes einschließlich der katholischen Klosterkirche St. Heinrich gehört somit zu den ältesten Stadtteilen Pirnas. Über die Jahre wurde die Bausubstanz natürlich nicht besser, so daß eine Sanierung und ein teilweiser Wiederaufbau dringend notwendig waren. Seit 1993 kann man wieder die ganze architektonische Pracht bewundern. Besonders das Eingangsgebäude des Museums ist aufgrund der Einbindung moderner Stilmittel sehenswert und wurde sogar mit einem Sonderpreis des Bundesbauministeriums geehrt.

Mittlerweile ist das Museum im Besitz von etwa 30.000 Ausstellungsstücken, darunter die Stadtfahne Pirnas aus dem Jahr 1680. Die Exponate stammen aber nicht nur aus der Geschichte Pirnas, sondern auch aus den Bereichen Naturgeschichte, Geologie und Numismatik.